北京醫(yī)學(xué)院附屬中學(xué)創(chuàng)建于1960年，主校區(qū)位于海淀區(qū)花園北路40號，毗鄰北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部、學(xué)院路八大學(xué)院等高等學(xué)府，目前正在進(jìn)行重建，臨時校區(qū)位于牡丹園東里2號。北醫(yī)附中是海淀區(qū)一所教育、教學(xué)質(zhì)量較高、社會聲譽(yù)良好的完全中學(xué)， 2017年9月成為北大附中教育集團(tuán)總校一員。北醫(yī)附中借助北大附中、北京大學(xué)、北大醫(yī)學(xué)部的教育資源，并且結(jié)合傳統(tǒng)文化方面的優(yōu)勢逐步形成了以生化和傳統(tǒng)文化為主的辦學(xué)特色。

學(xué)校在辦學(xué)理念上繼承了北京大學(xué)以奉獻(xiàn)社會為己任的擔(dān)當(dāng)精神和北大醫(yī)學(xué)部嚴(yán)謹(jǐn)認(rèn)真的敬業(yè)精神。，“關(guān)注人，培養(yǎng)人，成就人，發(fā)展人”尊重、適合、和諧、發(fā)展”是我校辦學(xué)思想的高度概括，是一所滿懷責(zé)任心、愛心、具有人文情懷的學(xué)校。

在辦學(xué)目標(biāo)上，由于北醫(yī)附中坐落于海淀區(qū)東部教育核心地區(qū)，周邊高等院校、科研單位、成熟社區(qū)眾多，我校辦學(xué)目標(biāo)秉承地理位置的優(yōu)勢和與高等院校、集團(tuán)學(xué)校的聯(lián)合，努力成為海淀區(qū)東部一所家長滿意、學(xué)生向往、引領(lǐng)社區(qū)文化發(fā)展的學(xué)校，培養(yǎng)有愛國情懷、敬業(yè)精神的優(yōu)秀公民。

在辦學(xué)優(yōu)質(zhì)特色上，2015年5月15日，北大附中正式承辦北醫(yī)附中。2017年北大附中教育集團(tuán)總校成立，北醫(yī)附中成為集團(tuán)校一員。以集團(tuán)化辦學(xué)的力量助推北醫(yī)附中的發(fā)展，學(xué)校充分利用名校的優(yōu)質(zhì)教育教學(xué)資源，不斷提高學(xué)校的整體實力，學(xué)校在教育教學(xué)等多個方面進(jìn)行充分的改革，由此學(xué)校正式進(jìn)入發(fā)展的快車道。我校將保持北醫(yī)原有的傳統(tǒng)文化特色，融合北大附中創(chuàng)新的辦學(xué)理念，以及北大醫(yī)學(xué)部“求醫(yī)問學(xué)”的精神，最終確立新契機(jī)下北京醫(yī)學(xué)院附屬中學(xué)的辦學(xué)優(yōu)質(zhì)特色項目，即大力開展傳統(tǒng)文化課程以及以醫(yī)療為背景的生化特色課程。

學(xué)校先后被授予“北京市文明禮儀示范校”、“北京市校園文明示范校”、“海淀區(qū)文明單位”、“海淀區(qū)科技教育示范學(xué)校”、“海淀區(qū)課堂德育先進(jìn)單位”、“海淀區(qū)非遺傳承項目基地校”、“海淀區(qū)足球?qū)嶒瀸W(xué)校”等稱號。