北京市第三十九中學(xué)是一所歷史悠久的普通完全中學(xué)。其前身是光華女中、耕莘中學(xué)(兩所寄宿制教會(huì)學(xué)校)，1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名為北京市第三十九中學(xué)。2019年3月，入選北京市首批義務(wù)教育學(xué)校管理標(biāo)準(zhǔn)達(dá)標(biāo)學(xué)校。

北京市第三十九中學(xué)前身是光華女中、耕莘中學(xué)兩所寄宿制教會(huì)學(xué)校。光華女中初創(chuàng)于1904年，由天主教北京教區(qū)若瑟修女會(huì)所創(chuàng)辦。當(dāng)時(shí)女界之先覺者知非興學(xué)育材、發(fā)展女教不足以培養(yǎng)國本、改進(jìn)社會(huì)，因于京師西什庫南端若瑟會(huì)址約集同志，講學(xué)論道。至民國十一年七月(公元1922年)為培植女學(xué)師資起見，設(shè)立若瑟女學(xué)師范學(xué)校及附屬小學(xué)，后正式呈準(zhǔn)立案。民國十八年八月(公元1929年)依照部章，停辦師范，改辦中學(xué)，但高中仍為師范并易名為北平市私立光華女子中學(xué)。后由校董事會(huì)另推賀德馨為校長(zhǎng)。民國二十三年秋季(公元1934年)遵照新頒布學(xué)制，將高中師范班逐年結(jié)束，初、高級(jí)一律改為中學(xué)。民國二十六年六月(公元1937年)，為加強(qiáng)督催與指導(dǎo)，增聘田耕莘主教為該校名譽(yù)董事長(zhǎng)。

耕莘中學(xué)原系天主教會(huì)設(shè)立之天使修院。1946年春，田耕莘任北京(當(dāng)時(shí)為北平)總主教，鑒于修院課程與一般中學(xué)不無差異，未能滿足畢業(yè)修生升學(xué)或就業(yè)之需求，乃毅然計(jì)劃將此修院改組為正式中學(xué)。同年8月，成立學(xué)校董事會(huì)，名曰私立耕莘中學(xué)董事會(huì)，公推田耕莘主教為董事長(zhǎng)，即為學(xué)校的創(chuàng)始人。同年11月25日，偽教育局核準(zhǔn)私立耕莘中學(xué)開辦。學(xué)校聘任輔仁等海內(nèi)外大學(xué)畢業(yè)生從事教學(xué)工作，至1949年2月北平解放后，在校學(xué)生人數(shù)由創(chuàng)辦伊始的135人增至574人，實(shí)驗(yàn)室、圖書館、辦公室等分別改建與擴(kuò)充，學(xué)校行政、教學(xué)制度、校舍設(shè)備逐漸完善，學(xué)校組織與學(xué)校課程均依照政府指示加以改正，辦學(xué)質(zhì)量迅速提高。

自學(xué)校實(shí)行校長(zhǎng)負(fù)責(zé)制十幾年來，三十九中整體取得了可喜的成就。高質(zhì)量地完成九年制義務(wù)教育，初中畢業(yè)生升學(xué)率近乎百分之百，高考錄取率逐年增加，已超過了百分之八十。德育整體化工作推廣實(shí)施，"五育三層次"得到了全面貫徹和落實(shí)，"兩操""兩課"質(zhì)量和心理教育科研水平進(jìn)一步提高。全校各年級(jí)同學(xué)的綜合素質(zhì)得到加強(qiáng)。一批青年教師穎脫而出，已成為三十九中教育教學(xué)的骨干，我校教師很多有質(zhì)量的論文相繼在全國、市、區(qū)主要刊物上得以發(fā)表。學(xué)校獲得了西城區(qū)中學(xué)教學(xué)管理達(dá)標(biāo)校、中國青少年素質(zhì)教育研究實(shí)踐優(yōu)秀基地校、西城區(qū)心理教育科研特色學(xué)校、北京市心理教育實(shí)驗(yàn)校、西城區(qū)可持續(xù)發(fā)展教育展示校、西城區(qū)社會(huì)治安綜合治理先進(jìn)單位、西城區(qū)涉臺(tái)教育基地試點(diǎn)校、西城區(qū)先進(jìn)黨支部、西城區(qū)教育系統(tǒng)教代會(huì)達(dá)標(biāo)工作先進(jìn)單位、北京市和西城區(qū)先進(jìn)職工之家、北京市模范職工之家、西城區(qū)敬老文明先進(jìn)校、全國教育工會(huì)先進(jìn)單位、西城區(qū)普教系統(tǒng)優(yōu)秀團(tuán)委等榮譽(yù)稱號(hào)。八十年來，尤其是建國以后半個(gè)多世紀(jì)以來，北京市第三十九中學(xué)向高等院校輸送了大批合格畢業(yè)生，為國家為社會(huì)培養(yǎng)了數(shù)以萬計(jì)的建設(shè)者和接班人。其中有很多杰出的畢業(yè)生，為國家為人民做出了突出的奉獻(xiàn)，為母校贏得光彩!他們中有共和國的部長(zhǎng)、省長(zhǎng)，全國人大代表，全國政協(xié)委員;有科學(xué)家、文學(xué)家、教育家、藝術(shù)家、著名運(yùn)動(dòng)員;更多的是在平凡工作崗位上做出貢獻(xiàn)的普通勞動(dòng)者和建設(shè)者!在2011年中國科學(xué)院院士的增選中，1971年畢業(yè)的校友張維巖當(dāng)選為中科院院士。

北京市第三十九中坐落于北京城市的中心地帶，南鄰中央所在地中南海，北接寬敞的平安大街，東與北京西什庫教堂一墻之隔，西連西四阜景繁華大街。是一所即有古老傳統(tǒng)文化，又充滿現(xiàn)代化氣息的完全中學(xué)。多年來，學(xué)校堅(jiān)持正確的辦學(xué)方向，認(rèn)真貫徹德、智、體、美、勞全面發(fā)展的教育方針，在教育改革的實(shí)踐中積極探索，逐漸形成“團(tuán)結(jié)、奮進(jìn)、求實(shí)、創(chuàng)新”的優(yōu)良傳統(tǒng)和校風(fēng)。

北京市第三十九中學(xué)現(xiàn)校舍，是近年內(nèi)市區(qū)兩級(jí)政府投資9千萬元，于2002年8月建成的一個(gè)以六層教學(xué)大樓為主立體建筑的新校舍，總占地面積約1.3萬平方米，主體建筑的使用面積 18000 ㎡，可容納32個(gè)教學(xué)班，內(nèi)有化學(xué)實(shí)驗(yàn)室、物理實(shí)驗(yàn)室、生物實(shí)驗(yàn)室各3個(gè)，總面積900平方米。計(jì)算機(jī)房、美術(shù)、音樂、歷史、地理、觀摩、多媒體等專用教室10個(gè)，總的面積950 ㎡。樓內(nèi)設(shè)有圖書館350 ㎡、閱覽室300㎡ 教師電子備課室、學(xué)生電視臺(tái)、多功能廳、報(bào)告大廳、形體健身房、體育館、游泳館，及可供全校師生千人用餐的食堂。院內(nèi)有4749 ㎡環(huán)形塑膠跑道，人工草皮操場(chǎng)和998 ㎡羽毛場(chǎng)，與六層教學(xué)大樓競(jìng)相輝映，氣派非凡。學(xué)校教學(xué)設(shè)施完善，具有全國領(lǐng)先水平，每個(gè)教室均配有計(jì)算機(jī)、實(shí)物展臺(tái)、背投等多媒體教學(xué)設(shè)備，網(wǎng)絡(luò)設(shè)施完善，自動(dòng)化辦公條件具全。電子圖書閱覽，綠色生態(tài)展示基地，充分顯示出學(xué)校教學(xué)與管理的高科技水平。

北京市第三十九中學(xué)現(xiàn)有24個(gè)教學(xué)班，其中初中班12個(gè)，高中班12個(gè)，(外國學(xué)生班2個(gè))，全校在校學(xué)生近千人。在職教職工130人。

從87年開始實(shí)行校長(zhǎng)負(fù)責(zé)制。學(xué)校設(shè)校務(wù)辦公室、學(xué)生工作處、教學(xué)工作處、總務(wù)處和外國學(xué)生部等行政職能部門，由校長(zhǎng)統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，統(tǒng)一指揮，分級(jí)管理。學(xué)校實(shí)行年級(jí)組與教研組并設(shè)制，分工合作共同完成教育教學(xué)任務(wù)。學(xué)校教代會(huì)依照有關(guān)法規(guī)參加學(xué)校的民主管理和民主監(jiān)督。

學(xué)校有專任教師70人，高中34人，初中36人，高級(jí)職稱教師約占40%，近年來學(xué)校吸收了一大批具有較強(qiáng)專業(yè)知識(shí)的青年教師來校任教，他們都具有本科或研究生學(xué)歷，英語均達(dá)到國家四級(jí)獲四級(jí)以上(高至八級(jí))水平，并能熟練的運(yùn)用計(jì)算機(jī)、多媒體等現(xiàn)代化手段輔助教學(xué)。在學(xué)校德師工程、優(yōu)師工程、名師工程、惠師工程的引導(dǎo)下，一批優(yōu)秀青年骨干教師成長(zhǎng)起來，各學(xué)科均具有區(qū)校兩級(jí)學(xué)科帶頭人，在教學(xué)領(lǐng)域發(fā)揮著重要作用。

學(xué)校教風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)，管理嚴(yán)格，對(duì)教師教學(xué)業(yè)務(wù)提出明確要求，“六大教學(xué)基本功，九項(xiàng)常態(tài)課堂教學(xué)標(biāo)準(zhǔn)和十三條教學(xué)能力，”實(shí)現(xiàn)人人達(dá)標(biāo)。并要求教師認(rèn)真履行崗位職責(zé)，模范遵守職業(yè)道德規(guī)范。在全校師生的共同努力下，學(xué)校教育教學(xué)質(zhì)量逐年提高，中考、會(huì)考、高考的某些學(xué)科成績(jī)達(dá)到同類校的較高水平。學(xué)生素質(zhì)明顯改變，在市區(qū)舉行的各項(xiàng)知識(shí)技能比賽中，多名學(xué)生多項(xiàng)獲獎(jiǎng)。學(xué)校先后被確定為“中國青少年素質(zhì)教育研究實(shí)踐基地”，“北京市西城區(qū)心理教育特色校”、“涉臺(tái)教育試點(diǎn)校”、“教學(xué)管理達(dá)標(biāo)校”、“北京市西城區(qū)聯(lián)合國教科文組織可持續(xù)發(fā)展實(shí)驗(yàn)校”。